Repository structure:
HBV_time-dependent_rate
├── README.md
├── alignments
│ ├── HBV_combined.fasta
│ ├── HBV_combined.masked.fasta
│ └── HBV_combined.masked.recdel.fasta
└── xmls
├── TDRfix
│ └── HBV_TDRfix.xml
├── TDRmix
│ └── HBV_TDRmix.xml
├── TDRmix_noPrim
│ └── HBV_TDRmix_noPrimE.xml
├── TDRmix_noPrim_threshold
│ └── HBV_TDRmix_noPrimE_TT.xml
├── TDRmix_noPrim_threshold_TDRprior
│ └── HBV_TDRmix_noPrimE_TT.xml
├── WENBA
│ ├── HBV_totalEvidence_WENBA.trees
│ ├── IBM
│ │ ├── README.txt
│ │ ├── rootDiffuse
│ │ │ └── WENBA_IBM.xml
│ │ └── rootInFertileCrescent
│ │ ├── FertileCrescent.kml
│ │ └── WENBA_IBM_rootFC.xml
│ └── RRW
│ ├── randomRoot
│ │ └── WENBA_RRW.xml
│ └── rootInFertileCrescent
│ ├── FertileCrescent.kml
│ └── WENBA_RRW_rootinFC.xml
├── genotypeD
│ ├── IBM
│ │ ├── README.txt
│ │ ├── rootDiffuse
│ │ └── rootInKurgan
│ └── RRW
│ ├── randomRoot
│ └── rootInKurgan
├── relaxedClock_ancient
│ └── HBV_ancient_rand.xml
├── relaxedClock_modern
│ └── HBV_modern_rand.xml
├── relaxedClock_modernAndAncient
│ └── HBV_rand.xml
└── totalEvidence
└── HBV_totalEvidence.xml
Run the BEAST xml files using the hmc-clock branch of BEAST, except for the IBM analyses which need to be run with the integrated_OU branch